Αποικήθηκε από τους Κρήτες το 1500 π.Χ., όταν το νησί αλλά και η πόλη της Σκοπέλου ονομάζονταν Πεπάρηθος. Ο οικισμός υπάρχει τουλάχιστον από τον όγδοο αιώνα π.Χ., ενώ για πολλά χρόνια υπαγόταν στην Χαλκίδα της Εύβοιας.

 

   Η Πεπάρηθος ήταν η μία από τις τρεις πόλεις του νησιού, μαζί με τον Πάνορμο και τη Σελινούντα (σημερινό Λουτράκι). Παρότι οι ανασκαφές συνεχίζονται στο Ασκληπιείο (το ιερό του Ασκληπιού, του θεραπευτή θεού), το οποίο χρονολογείται από τον 4ο π.Χ. αιώνα, δεν έχουν διασωθεί πολλά ευρήματα από τους πρώτους οικισμούς. Το αρχαιότερο κτήριο στο νησί είναι η εκκλησία του Αγίου Αθανασίου του 11ου αιώνα, η οποία βρίσκεται κάτω από τα ερείπια του ενετικού κάστρου του 13ου αιώνα μέσα στον οικισμό της Σκοπέλου. Το κάστρο χτίστηκε πάνω στα θεμέλια της αρχαίας Πεπαρήθου, τα οποία χρονολογούνται από τον 5ο αιώνα π.Χ. Στην πλειονότητά τους, οι υπόλοιπες εκκλησίες που βρίσκονται μέσα στον οικισμό χρονολογούνται μετά τον 15ο αιώνα.

   Η χώρα της Σκοπέλου άντεξε το ζυγό πολλών κατακτητών, μεταξύ των οποίων οι Μακεδόνες, οι Ρωμαίοι, οι Ενετοί, οι Οθωμανοί και κατάφερε να μείνει αναλλοίωτη στον χρόνο. Σε αντίθεση με τον μύθο που θέλει τους κατοίκους του νησιού να αφανίζονται μετά από επιδρομή του Μπαρμπαρόσα τον 14ο αιώνα, πολλοί ήταν αυτοί που επέζησαν και επιδόθηκαν με ζήλο στη γεωργία και τη «βαριά» βιομηχανία του νησιού που ήταν η ναυπηγική. Η συμβολή των Σκοπελιτών ναυπηγών στην Επανάσταση του 1821 ήταν σημαντική. Οι μάστορές της ήταν φημισμένοι σε όλη την Ελλάδα, ως τη Ρωμανία και τη Μαύρη Θάλασσα, αλλά η ναυπηγική στο νησί παρήκμασε μετά την κατασκευή των ατμόπλοιων. Οι κάτοικοι επιδόθηκαν έπειτα στην υφαντουργία, η οποία μαζί με τη γεωργία, την αλιεία, το εμπόριο και τις υπηρεσίες, αποτελούν τις βασικές πηγές εσόδων των κατοίκων πέραν του τουρισμού.