Το ανάγλυφο του νησιού συνθέτουν περισσότερα από δέκα βουνά. Μόνο οκτώ, όμως, ξεπερνούν σε ύψος τα 300 μέτρα από τη στάθμη της θάλασσας. Αυτά τα βουνά σχηματίστηκαν στη διάρκεια της Κρητιδικής περιόδου, πριν από 145 εκατομμύρια χρόνια, από ηφαιστειογενή και ιζηματογενή πετρώματα, τα οποία σχηματίζουν ένα τμήμα του φλοιού της γης που ευθύνεται για τη μετακίνηση των τεκτονικών πλακών (οι Βόρειες Σποράδες βρίσκονται στο βορειοδυτικό άκρο της λεγόμενης Πλάκας του Αιγαίου). Οι πλάκες αυτές κινούνται ακόμα, αλλά με πολύ αργούς ρυθμούς.

 

   Το υψηλότερο βουνό είναι η Δέλφη, η οποία φτάνει τα 681 μέτρα ύψος και από την κορυφή της προσφέρει ασύγκριτη θέα σε ολόκληρο το νησί. Οι νεολιθικοί τάφοι που έχουν ανακαλυφθεί στην περιοχή Σεντούκια υποδηλώνουν ότι το βουνό έπαιζε σημαντικό ρόλο στην προϊστορική περίοδο του νησιού.

Μια εντελώς διαφορετική εικόνα σχηματίζει κανείς εάν μελετήσει το δεύτερο μεγαλύτερο βουνό του νησιού, το Παλούκι, το οποίο στέκει επιβλητικό πάνω από τη χώρα. Το ύψος (546 μ.) και η απόκρημνη όψη του προσέλκυσαν του χτίστες των οκτώ μοναστηριών που βρίσκονται στο βουνό, καθώς η ίδια η κατασκευή των μονών θεωρούνταν άσκηση πίστης και υπομονής. Στα μοναστήρια πραγματοποιούνται συχνά γιορτές λατρευτικού χαρακτήρα, στις οποίες μπορεί να παραστεί οποιοσδήποτε θελήσει, αρκεί να σέβεται το περιβάλλον των μονών και την κατανυκτική ατμόσφαιρα. Παρότι πολλά εξωκλήσια δεν λειτουργούν πια, οι ντόπιοι τα επισκέπτονται συχνά, ανάβουν τα καντήλια και τα συντηρούν, όσο δύσκολη και αν είναι η πρόσβαση.

 

   Το δίκτυο των πετρόχτιστων καλντεριμιών και μονοπατιών που επεκτείνεται σε ολόκληρη τη Σκόπελο συνδέει τη δυτική τοποθεσία Μαυραγάνι με το ανατολικό εξωκλήσι της Αγίας Άννας και ανοίγει διάπλατα στους περιπατητές τα δάση του νησιού.